L'Agence nationale de la cohésion des territoires assure le secrétariat du conseil dans les conditions prévues à l'article 4 du décret du 31 mars 2014 susvisé.
Ce secrétariat organise les travaux du conseil et de ses instances.
Les membres du conseil et les personnes qui participent à ses groupes de travail bénéficient du remboursement de leurs frais de déplacement dans les conditions prévues par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.