Les membres de la commission autres que les membres de droit sont désignés conjointement, pour une durée de cinq ans, par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de l'agriculture. Lorsqu'un membre perd la qualité au titre de laquelle il a été nommé, il est procédé à son remplacement pour la durée du mandat restant à courir.
Le membre titulaire et son suppléant mentionnés au 7° de l'article 3 sont désignés sur proposition des élus étudiants au Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire.
Le membre titulaire mentionné au 8° de l'article 3 est désigné sur proposition des élus enseignants-chercheurs au Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire.