Dans chaque ministère est mis en place un dispositif de contrôle interne budgétaire et de contrôle interne comptable.

Le contrôle interne budgétaire a pour objet de maîtriser les risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité de la comptabilité budgétaire tenue et de soutenabilité de la programmation et de son exécution.

Le contrôle interne comptable a pour objet la maîtrise des risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité des comptes depuis le fait générateur d'une opération jusqu'à son dénouement comptable.

Le ministre chargé du budget définit le cadre de référence interministériel des contrôles internes budgétaire et comptable et veille à sa mise en œuvre. Ce référentiel précise les conditions dans lesquelles est assuré, pour satisfaire à l'objectif de la qualité des comptabilités, le respect des critères de réalité, de justification, de présentation et bonne information, de sincérité, d'exactitude, d'exhaustivité, de non-compensation, d'imputation et de rattachement à la bonne période comptable et au bon exercice.

Le dispositif de contrôle interne budgétaire fait l'objet d'une évaluation annuelle par le contrôleur budgétaire au regard notamment des résultats de l'audit interne dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.

La programmation des audits budgétaires et comptables est arrêtée dans chaque ministère par le comité ministériel d'audit interne, dont la composition et les missions sont précisées par arrêté.
S'agissant des audits comptables, le comptable centralisateur des comptes de l'Etat peut faire des propositions au comité ministériel d'audit par l'intermédiaire du contrôleur budgétaire et comptable ministériel, membre de droit de ce comité. Ces propositions peuvent porter sur toutes les opérations ayant un impact sur les comptes de l'Etat. Les missions d'audit programmées dans ce cadre peuvent être réalisées en partenariat avec des auditeurs placés sous l'autorité du ministre chargé du budget.
Le comptable centralisateur des comptes de l'Etat est destinataire des rapports établis à l'issue des missions d'audit comptable réalisées dans le cadre de cette programmation.