Le président de l'école dirige l'établissement.
Le conseil d'administration par ses délibérations assure l'administration de l'école.
Le conseil scientifique par ses avis et orientations participe à l'administration de l'école.
L'école comprend des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services.

Le président est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.
Il est choisi parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission qu'il a constituée un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de huit à douze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, et de deux personnalités extérieures membres du conseil scientifique de l'école.
Les fonctions de président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.

Le président exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les textes pris pour son application. L'attribution prévue au 5° du même article ne peut être exercée par les directeurs des composantes de l'école. Pour l'application des dispositions du 10° du même article, le président installe, sur proposition du conseil d'administration, une mission "égalité entre les hommes et les femmes".

Il préside le conseil d'administration. En cas de partage égal des voix, il a voix prépondérante.

Il assiste aux séances du conseil scientifique avec voix consultative.

Il est assisté de vice-présidents qu'il nomme et dont il fixe les attributions respectives.

Il peut déléguer sa signature au directeur général des services, aux vice-présidents, aux agents de catégorie A placés sous son autorité ainsi que, pour les affaires concernant les instituts, les départements, les laboratoires de recherche, les services mentionnés à l'article 4 et les unités de recherche constituées avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables respectifs.

Outre le président de l'école, le conseil d'administration comprend trente membres.

Il est composé, suivant les modalités fixées à l'article 12 :

1° Du président de l'université Paris-Saclay ;

2° De personnalités qualifiées désignées par le président ;

3° De représentants d'institutions partenaires, choisies par le président après avis des autres membres du conseil d'administration ;

4° De représentants élus en nombre égal au nombre total des membres mentionnés au 1°, au 2° et au 3°, comme suit :

a) Quatre représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation ;

b) Quatre représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche ;

c) Trois représentants des personnels de bibliothèque, ingénieurs, administratifs techniques, ouvriers, de service et de santé ;

d) Quatre représentants des élèves et des étudiants.

Le conseil scientifique comprend au maximum vingt-cinq membres.
Il est composé, suivant les modalités fixées à l'article 12 :
1° De personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président de l'école ;
2° De représentants d'institutions partenaires, choisies par le président de l'école après avis des autres membres du conseil scientifique ;
3° D'au minimum un tiers de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs de recherche, des élèves et des étudiants.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités qualifiées dans les conditions définies par le règlement intérieur, pour un mandat de quatre ans renouvelable une fois.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par le IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation. Pour l'application des dispositions du 8°, il délibère sur toutes les questions que lui soumet le président. Le conseil d'administration délibère, en outre, sur les règles relatives aux examens. Il peut déléguer certaines de ses compétences au président dans les conditions fixées par cet article.

En outre, il délibère sur la création ou la suppression des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services et adopte le règlement intérieur de l'école, dans les conditions de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.

Le conseil d'administration délibère sur la convention d'objectifs et d'engagements proposée par le président de l'université Paris-Saclay.

Le conseil d'administration délibère pour demander la fin de la participation de l'établissement à l'université Paris-Saclay, dans les conditions prévues par les statuts de l'université Paris-Saclay.

Dans le cadre de ses compétences, il peut créer des commissions dont les modalités de désignation de ses membres et de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.

Pour l'application des dispositions du 9° de l'article L. 712-3 du code de l'éducation, le conseil d'administration adopte le schéma directeur pluriannuel en matière de politique du handicap. Chaque année, le président lui présente un rapport d'exécution de ce schéma, assorti d'indicateurs de résultats et de suivi.

Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.

Il est consulté sur les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique, ainsi que sur la répartition des crédits de recherche.

Le conseil est en outre consulté sur les demandes d'accréditation.

Il est également consulté sur les conventions avec les organismes de recherche, le bilan des activités de recherche des laboratoires et des actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique.

Il peut émettre des vœux.

Il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique des activités de l'établissement en s'appuyant sur des évaluations institutionnelles extérieures, françaises et internationales, notamment celle du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

Dans le respect des dispositions statutaires applicables aux enseignants-chercheurs, le conseil scientifique en formation restreinte aux enseignants-chercheurs donne un avis sur les mutations des enseignants-chercheurs, sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs, sur la titularisation des maîtres de conférences stagiaires et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.

Le pouvoir disciplinaire à l'égard des enseignants-chercheurs et enseignants est exercé en premier ressort par une section disciplinaire dont les membres sont élus par et parmi les représentants élus des enseignants-chercheurs et des enseignants au conseil d'administration et au conseil scientifique, répartis selon leurs collèges électoraux respectifs.

Pour l'application, à la constitution de la section disciplinaire, des articles R. 712-13, R. 712-15, R. 712-18, R. 712-20 et R. 712-21 du code de l'éducation, les références au conseil académique sont remplacées par les références au conseil d'administration et au conseil scientifique.

Le règlement intérieur de l'établissement, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, précise notamment la composition du conseil d'administration et du conseil scientifique, les règles de quorum, les modalités de délibération de ces conseils et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.
Il dresse en outre la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant l'identification de leurs membres et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.

I. ― Les conditions d'exercice du droit de suffrage, d'éligibilité, le déroulement et les conditions de régularité du scrutin et les modalités de recours contre les élections sont régis par les articles D. 719-7 à D. 719-40 du code de l'éducation sous réserve des dispositions ci-après.

Les représentants des personnels, des élèves et des étudiants sont élus au scrutin de liste à un tour avec représentation proportionnelle au plus fort reste, listes complètes et sans panachage.

Lorsqu'un seul siège est à pourvoir, l'élection a lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.

Pour les élèves et les étudiants, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire ou définitif du titulaire.

Pour les élections au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnels d'enseignement et de recherche sont répartis entre les collèges A et B définis au I de l'article D. 719-4 du code de l'éducation, à l'exclusion des doctorants. Le collège des usagers prévu au 2 de l'article 3 du même décret comprend les élèves, les doctorants, y compris les doctorants contractuels, et les autres étudiants.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnels enseignants titulaires affectés dans un autre établissement sont électeurs s'ils effectuent à l'école un nombre d'heures d'enseignement au moins égal au tiers des obligations d'enseignement de référence. Au conseil scientifique, au titre du collège des usagers, sont électeurs les élèves et étudiants titulaires de la première année de master ou d'un diplôme équivalent et sont seuls éligibles les élèves et étudiants titulaires d'un diplôme de niveau égal ou supérieur au master et ceux qui sont inscrits en doctorat.

II. ― La durée du mandat des membres des conseils est de quatre ans renouvelable une fois, à l'exception des représentants des élèves et des étudiants dont le mandat est d'un an renouvelable. Nul ne peut être simultanément membre du conseil d'administration et du conseil scientifique.

Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.
Ces structures internes ne disposent pas d'un budget propre intégré au budget de l'école. Toutefois, ces structures ou leurs regroupements peuvent être dotés d'un budget annexe dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et le décret pris pour son application.

L'école peut avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche créer un ou plusieurs services communs interétablissements. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement au sein duquel le service établit son siège, appelé établissement de rattachement, ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat, ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative.
Ce service est doté d'un budget annexé au budget de l'établissement de rattachement.