Un comité d'orientation, présidé par le ministre ou son directeur de cabinet, réunit, au moins une fois par an, le secrétaire général et les directeurs d'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation, de l'agroalimentaire et de la forêt ainsi que les membres du bureau. Il peut associer à ses travaux d'autres départements ministériels pour lesquels le conseil général réalise des missions. Il arrête le programme annuel d'activité.