Le directeur général est choisi dans l'une des catégories de personnels ayant vocation à enseigner dans l'institut. Il est nommé pour un mandat de quatre ans, renouvelable une fois, sur proposition du conseil d'administration, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Ses fonctions sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration, de directeur d'école, de responsable d'unité de recherche, de directeur de département et de directeur de service commun.

Le directeur général peut rester en fonction jusqu'au 31 août suivant la date à laquelle il a atteint l'âge de soixante-huit ans.

Il est assisté d'un comité de direction dont la composition et les attributions sont définies par le règlement intérieur.