L'administrateur supérieur arrête le budget du territoire après avis du conseil consultatif.
L'administrateur supérieur est ordonnateur du budget du territoire.

Les règles budgétaires et comptables applicables au territoire des Terres australes et antarctiques françaises sont celles décrites dans l'instruction budgétaire et comptable M. 57 applicable en métropole aux communes de moins de 3 500 habitants.

Les dépenses et les recettes de chaque district peuvent être retracées dans un budget annexe au budget principal, qui retrace alors les dépenses et les recettes du siège du territoire.

Le comptable du territoire est le trésorier-payeur général de la Réunion.