Le conseil d'administration élit parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président issu du collège des représentants du conseil régional et quatre vice-présidents.

Les vice-présidents sont répartis de la façon suivante :

- un représentant d'un département ;
- deux représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre mentionnés au c du 1° de l'article 5 ;
- un représentant des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes visés au d du 1° de l'article 5.

Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.