Le régime financier et comptable de l'établissement est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 du code de l'éducation et par le décret du 14 janvier 1994 susvisé. Les centres de formation et de recherche et, le cas échéant, les services communs, les instituts et les écoles mentionnés à l'article 4 disposent d'un budget propre intégré au budget de l'établissement qui est élaboré, voté et exécuté dans les conditions définies par les articles 3, 4, 17, 19, 21 et 38 du décret du 14 janvier 1994 susvisé.
Le directeur de l'établissement peut désigner comme ordonnateurs secondaires, pour l'exécution de leur budget propre, les directeurs des centres de formation et de recherche, des instituts et des écoles mentionnés à l'article 4.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget fixe le montant des droits de scolarité acquittés par les étudiants autres que ceux mentionnés au 8° de l'article 6, et les conditions d'une exonération éventuelle.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget.