L'établissement tient une comptabilité spécifique des investissements consacrés aux programmes de travaux d'aménagement, d'entretien, de grosses réparations et d'équipement du Grand Palais approuvés par le conseil d'administration, au financement desquels il consacre au moins 50 % de son résultat net d'exploitation annuel.

Cette comptabilité fait apparaître un compte d'emploi des subventions de l'Etat, des contributions des autres personnes morales de droit public et de droit privé ayant une activité permanente dans le Grand Palais, des contributions provenant d'autres personnes publiques et privées, de la part de ses ressources propres qu'il affecte aux travaux et des emprunts qu'il a, le cas échéant, souscrits.