Le personnel du SHOM comprend :
1° Des fonctionnaires ;
2° Des militaires ;
3° Des agents non titulaires de droit public ;
4° Des ouvriers des établissements industriels de l'Etat.

Les militaires du SHOM appelés à embarquer pour l'exercice de leur mission bénéficient du même régime indemnitaire que le personnel militaire de la marine nationale.