L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.

Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs adjoints et d'un secrétaire général.

Il comprend des départements de formation et de recherche de la formation continue professionnelle, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles internes, créés par délibération du conseil d'administration.

Le conseil d'administration comprend trente membres :

1° Cinq membres de droit :

a) Le secrétaire général du ministère de l'agriculture ou son représentant ;

b) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère de l'agriculture ou son représentant ;

c) Le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère de l'enseignement supérieur ou son représentant ;

d) Le président-directeur général de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son représentant ;

e) Le président de l'université Paris-Saclay ;

2° Dix membres nommés :

a) Deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés par leur organe délibérant respectif, ou leurs suppléants ; les collectivités ou groupements représentés sont choisis par le conseil d'administration parmi ceux sur le territoire desquels est principalement implanté l'établissement ;

b) Huit personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont au moins une choisie parmi les anciens élèves ;

3° Quinze membres élus dans les conditions prévues à l'article 21, pourvus chacun d'un suppléant élu dans les mêmes conditions :

a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ;

b) Trois représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;

c) Quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;

d) Un représentant des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité mixte de recherche à laquelle l'établissement participe et qui figure sur une liste établie par délibération du conseil d'administration ;

e) Trois représentants des étudiants ;

f) Un représentant des étudiants inscrits en doctorat ;

Le conseil d'administration élit son président et son vice-président parmi les membres mentionnés au b du 2°. Le président du conseil d'administration organise et dirige ses travaux. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère notamment sur :

1° Le contrat d'objectifs et de performance et le projet d'établissement qui le met en œuvre ;

2° Le règlement intérieur et le règlement des études ;

3° L'organisation interne de l'établissement, notamment la création et la suppression des départements, des services communs, des instituts et des écoles internes dont il approuve les statuts respectifs ;

4° La politique de l'enseignement, la politique de l'appui à l'enseignement technique, les créations de diplômes propres, les demandes d'accréditations à délivrer des diplômes nationaux et le titre d'ingénieur diplômé ;

5° La politique de recherche et d'innovation de l'établissement et la valorisation de ses résultats ;

6° Le budget et ses décisions rectificatives ;

7° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;

8° Le montant des droits de scolarité acquittés par les stagiaires de la formation continue, les auditeurs libres et les étudiants préparant un diplôme propre, sans préjudice des dispositions de l'article 23 ;

9° Les rémunérations pour services rendus ;

10° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;

11° Les concessions de logements ;

12° Les contrats, conventions et marchés ;

13° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;

14° La participation à toute forme de groupement public ou privé ;

15° Les prises de participations et la création de filiales ;

16° La création de fondations universitaires ou partenariales ;

17° L'acceptation des dons et legs, y compris faits avec charges, condition ou affectation immobilière sous les réserves prévues à l'article L. 1121-2 du code général de la propriété des personnes publiques ;

18° Les emprunts, dans les conditions et limites prévues par l'article 12 de la loi n° 2010-1645 du 28 décembre 2010 de programmation des finances publiques pour les années 2011 à 2014 ;

19° Les actions en justice et les transactions ;

20° La convention d'objectifs et d'engagements proposée par le président de l'université Paris-Saclay.

Le conseil d'administration délibère pour demander la fin de la participation de l'établissement à l'université Paris-Saclay, dans les conditions prévues par les statuts de l'université Paris-Saclay.

Il peut déléguer au directeur général de l'établissement, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 8°, 9°, 11°, 12°, 14° et 19°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus proche réunion du conseil d'administration.

Le directeur général, les directeurs des instituts et écoles internes, le ou les directeurs adjoints, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil d'administration peut constituer une commission permanente, dont il fixe la composition. Entre ses séances, il peut déléguer à cette commission le pouvoir de délibérer sur les budgets rectificatifs ainsi que les attributions mentionnées aux 8°, 9°, 10°, 11°, 12°, 13°, 14°, 17° et 19° de l'article 7 ci-dessus.

La commission permanente est présidée par le président du conseil d'administration ou, en son absence, par le vice-président. Outre son président, elle comprend au plus dix membres parmi lesquels doivent figurer au moins un représentant de l'Etat, deux représentants des personnels enseignants, un représentant des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels de recherche et un représentant des étudiants.

Le conseil d'administration renouvelle les membres de cette commission chaque année.

La commission est réunie par son président, sur proposition du directeur général, qui y assiste avec voix consultative. Elle rend compte au conseil d'administration de ses délibérations à la plus prochaine séance de ce dernier.

Le directeur général est nommé par décret dans les conditions fixées par l'article 2 du décret n° 2010-362 du 8 avril 2010 fixant les conditions de nomination et d'avancement dans les emplois de directeur général et de directeur des établissements d'enseignement supérieur agricole publics.

Le directeur général assure le bon fonctionnement de l'établissement et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet, il exerce notamment les attributions suivantes :

1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget ;

2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;

3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;

4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services généraux ainsi que de l'attribution des locaux ;

5° Il conclut les contrats, conventions et marchés délibérés par le conseil d'administration ;

6° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'établissement et peut faire appel à la force publique ;

7° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.

Il peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints, au secrétaire général ou à d'autres membres du personnel d'encadrement de l'établissement, dans la limite de leurs attributions.

Outre le directeur général, le conseil scientifique comprend vingt-quatre membres ainsi répartis :

a) Quatorze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture :

- quatre représentants d'organismes de recherche ;

- dix personnalités qualifiées représentatives des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche et une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;

b) Dix membres élus :

- deux représentants des professeurs et personnels assimilés ;

- deux représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;

- trois représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;

- deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe et qui figure sur une liste établie par délibération du conseil d'administration ;

- un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.

Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au a.

Toutes les personnes désignées par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation et la contribution de ses personnels le cas échéant.

Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence. Il exerce les attributions mentionnées aux articles 18, 29 et 52 du décret n° 92-171 du 21 février 1992 portant statuts particuliers des corps d'enseignants-chercheurs des établissements d'enseignement supérieur publics relevant du ministre chargé de l'agriculture.

Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres et sur les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux.

Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Le conseil des enseignants est composé de quarante et un membres. Outre le directeur général ou son représentant qui le préside, il comprend en nombre égal des représentants élus des professeurs et des personnels assimilés, et des représentants élus des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement.

Toutes les personnes désignées par le conseil d'administration ou dont le président du conseil des enseignants estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil des enseignants donne son avis au conseil d'administration sur les orientations et les programmes des enseignements de formation initiale et continue, sur les modalités de recrutement des étudiants et le règlement des études, dont le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est informé.

Le conseil des enseignants est garant de la bonne organisation du contrôle et de la sanction des études. Il statue sur la délivrance des diplômes aux étudiants selon des modalités fixées par le règlement des études. Il propose au conseil d'administration les modalités d'attribution des diplômes sanctionnant les formations dispensées au sein de l'établissement et les conditions d'ajournement ou d'exclusion des étudiants pour insuffisance dans les études. Il émet un avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.

Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur et exerce les attributions mentionnées aux articles 22, 23, 24, 29, 39, 41 et 52 du décret n° 92-171 du 21 février 1992 portant statuts particuliers des corps d'enseignants-chercheurs des établissements d'enseignement supérieur publics relevant du ministre chargé de l'agriculture.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante comprend, outre le directeur général ou son représentant qui le préside, vingt et un membres ainsi répartis :

a) Deux personnalités qualifiées désignées par le conseil d'administration parmi ses membres ayant cette qualité ;

b) Dix-neuf membres élus :

- quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;

- quatre représentants des maîtres de conférences et autres personnels chargés d'enseignement ;

- trois représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;

- huit représentants des étudiants.

Les directeurs adjoints et toutes les personnes désignées par le conseil d'administration ou dont le président du conseil de l'enseignement et de la vie étudiante estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est consulté sur les orientations des enseignements de formation initiale et continue, sur le règlement des études, ainsi que sur les programmes et les modalités de contrôle des études. Il émet un avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.

Il propose les mesures de nature à permettre l'orientation des étudiants, leur entrée dans la vie active, et à favoriser les activités culturelles, sociales ou associatives qui leur sont offertes.

Il propose également les améliorations à apporter aux conditions de vie, de sécurité et de travail et les mesures relatives aux activités de soutien aux oeuvres sociales, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et aux centres de documentation.