En application de l'article 5 de l'ordonnance du 29 juin 2005 susvisée, OSEO et les sociétés dans lesquelles OSEO détient séparément ou conjointement avec l'Etat, directement ou indirectement, plus de la moitié du capital social ou des droits de vote à l'assemblée générale des actionnaires, ainsi que la société OSEO SOFARIS, sont soumises au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales prévu par le décret du 9 août 1953 susvisé et, sauf pour la société OSEO BDPME, au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret du 26 mai 1955 susvisé.
Le contrôle de l'Etat sur les entreprises et organismes mentionnés dans le présent article est exercé, sous l'autorité du ministre chargé de l'économie, par une mission de contrôle dont le responsable est nommé par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget. Il rend compte de l'exercice de sa mission au directeur général du Trésor et de la politique économique et au directeur du budget.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget précise, le cas échéant, les modalités d'exercice et le champ d'application du contrôle économique et financier de l'Etat sur ces entreprises et organismes.

Le responsable de la mission de contrôle exerce la fonction du commissaire du Gouvernement auprès d'OSEO.
Les délibérations du conseil d'administration concernant les questions mentionnées aux 2°, 3°, 5°, 6°, 7° et 9° de l'article 5 et à l'article 12 ne deviennent exécutoires de plein droit que si le commissaire du Gouvernement n'y a pas opposé son veto dans le mois qui suit soit la réunion du conseil s'il y a assisté ou s'y est fait représenter, soit la réception des délibérations.
Dans le cas où le commissaire du Gouvernement forme opposition, il en réfère immédiatement aux ministres chargés de l'économie et du budget, qui se prononcent dans le délai d'un mois. A défaut de décision expresse dans ce délai, la délibération du conseil d'administration devient exécutoire.