Le comité de bassin exerce les compétences qui lui sont attribuées par l'article L. 213-2 et par le paragraphe VII de l'article L. 652-1 du code de l'environnement.

Il peut être consulté soit par un ministre intéressé, soit par le préfet de Mayotte :

a) Sur la mise en place de structures administratives qui se révéleraient nécessaires et, s'il y a lieu, sur l'élaboration des adaptations facilitant l'application des dispositions des chapitres Ier à IV, VI et VII du titre Ier du livre II du code de l'environnement ;

b) Sur la gestion de l'eau en période de crise.