Les dispositions du décret du 16 décembre 1999 susvisé s'appliquent aux subventions prévues à l'article L. 524-14 du code du patrimoine sous réserve des dispositions de la présente section.

La demande de subvention est présentée par l'aménageur ou son représentant légal en même temps qu'est transmis le contrat prévu à l'article 41 dont la présentation vaut demande d'autorisation de fouilles. Le contenu de la demande de subvention ainsi que les pièces à produire pour la constitution du dossier complet sont définis par un arrêté du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget.
Les travaux de fouilles peuvent commencer dès l'obtention de l'autorisation de fouilles, celle-ci ne valant pas promesse de subvention.

La demande de subvention est adressée au préfet de région dans le ressort duquel la fouille doit avoir lieu.
Le préfet de région transmet le dossier au ministre chargé de la culture accompagné de son avis.

Pour chaque décision attributive, le montant maximum prévisionnel de la subvention est déterminé par application à la dépense éligible prévisionnelle, d'un taux qui ne peut excéder 50 %.
La dépense éligible prévisionnelle est le prix prévisionnel de la fouille convenu entre l'aménageur et l'opérateur.
La décision d'attribution est prise par le ministre chargé de la culture et notifiée à l'aménageur.

Si, par suite de prescriptions complémentaires du préfet de région modifiant substantiellement l'équilibre économique du projet de fouille, le coût réel est supérieur à la dépense éligible prévisionnelle, un complément de subvention peut être alloué. Celui-ci fait l'objet d'une nouvelle décision attributive.

Le versement de la subvention intervient, par prélèvement sur le Fonds national pour l'archéologie préventive, sur justification par l'aménageur de la réalisation de l'opération de fouille archéologique.
Sur demande de l'aménageur, une avance, qui ne peut dépasser 30 % du montant prévisionnel alloué, peut être versée lors du commencement d'exécution.
Des acomptes peuvent être versés au fur et à mesure de la réalisation de l'opération de fouilles.
Le montant cumulé de l'avance et des acomptes ne peut excéder 80 % du montant prévisionnel de la subvention.
Le solde est versé après remise du rapport final d'opération sur production par l'aménageur de l'attestation prévue à l'article 53 et de la facture qu'il a acquittée établissant le coût réel de la fouille.