Le Muséum est placé sous la tutelle conjointe des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'environnement et de la recherche. Ces ministres exercent, en ce qui concerne le contrôle administratif de l'établissement, les compétences attribuées au recteur de région académique, chancelier des universités, par le code de l'éducation et les textes pris pour son application.

Chacun de ces ministres peut exercer les pouvoirs définis au deuxième alinéa de l'article L. 719-7 du même code.