Le Défenseur des droits fixe et modifie l'organisation de ses services par décision.
Les services sont placés sous la responsabilité du ou de la secrétaire général(e).
L'organisation de l'Institution s'articule autour :

- d'un secrétariat général ;
- de six directions organisées en pôles centraux et en pôles régionaux chargées :
- de la recevabilité, de l'orientation et de l'accès aux droits ;
- de la protection des droits - affaires publiques ;
- de la protection des droits - affaires judiciaires ;
- du réseau territorial ;
- de la promotion de l'égalité et de l'accès aux droits ;
- de la presse et de la communication ;
- d'un service de l'administration générale (fonctions-support) ;
- d'un cabinet.

Le Défenseur des droits emploie des fonctionnaires, des magistrats, des militaires et des agents non titulaires de droit public conformément aux articles 15 et 16 du décret n° 2011-905 susvisé.
Le Défenseur des droits peut faire appel, en tant que de besoin, à des collaborateurs non permanents qui apportent leur concours de manière ponctuelle à l'Institution sans renoncer à leur activité principale. Les conditions de rémunération des collaborateurs non permanents sont fixées par décision du Défenseur des droits.
Le Défenseur des droits peut accueillir des stagiaires et des jeunes en service civique. Ils sont recrutés conformément aux dispositions législatives et réglementaires en vigueur.

Le Défenseur des droits dispose d'un réseau de délégués répartis sur l'ensemble du territoire national.
Ces volontaires bénévoles sont nommés par le Défenseur des droits pour une période d'un an renouvelable par reconduction expresse. Lors de leur prise de fonctions, ils reçoivent une délégation qui fixe le cadre de leur action en vue de traiter certaines réclamations adressées à l'Institution et/ou d'apporter leur concours aux services centraux dans le cadre de l'instruction des réclamations.
Parmi les délégués, certains sont désignés comme animateurs afin de coordonner localement le travail collégial des délégués au côté des chefs de pôle régionaux.
Les délégués perçoivent une indemnité représentative de frais dont le montant et les modalités d'attribution sont fixés par décision du Défenseur des droits.

L'ensemble de la communauté de travail, y compris les délégués territoriaux, est tenue de respecter en particulier :

- le code de déontologie ;
- la charte informatique ;
- le guide commun de procédures ;
- le guide du bon usage des médias sociaux ;
- la charte de la laïcité dans les services publics.

Ces documents sont communiqués aux intéressés à leur prise de fonctions.