Le Défenseur des droits fixe et modifie l'organisation de ses services par décision.
Les services sont placés sous la responsabilité du ou de la secrétaire général(e).
L'organisation de l'Institution s'articule autour :

- d'un secrétariat général ;
- de six directions organisées en pôles centraux et en pôles régionaux chargées :
- de la recevabilité, de l'orientation et de l'accès aux droits ;
- de la protection des droits - affaires publiques ;
- de la protection des droits - affaires judiciaires ;
- du réseau territorial ;
- de la promotion de l'égalité et de l'accès aux droits ;
- de la presse et de la communication ;
- d'un service de l'administration générale (fonctions-support) ;
- d'un cabinet.