La commission est présidée par le directeur général.
Le président est, en cas d'empêchement, remplacé par l'un des représentants de l'administration siégeant à la commission.

La commission élabore son règlement intérieur. Ce règlement intérieur est soumis à l'approbation du directeur général.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres de la commission.
Les séances de la commission ne sont pas publiques.

La commission se réunit en formation plénière, tous collèges confondus, au moins une fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.
Pour délibérer valablement, les deux tiers des membres de la commission doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.
La commission émet un avis à la majorité de ses membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Dans les mêmes conditions de fonctionnement que celles prévues à l'article 27, la commission peut être convoquée, par collège, pour débattre de questions individuelles n'intéressant pas les autres collèges.

La commission se réunit en formation restreinte lorsqu'elle est appelée à se prononcer sur le licenciement d'un agent contractuel pour insuffisance professionnelle ou pour raison disciplinaire ou lorsqu'elle est saisie, le cas échéant, d'une requête relative à son évaluation.
Dans ce cas, seuls sont convoqués le ou les collèges de même niveau hiérarchique que l'agent concerné. Un nombre égal de représentants du personnel et de représentants de l'administration sont appelés à délibérer.
La commission s'assure que l'agent intéressé a été mis à même de prendre connaissance de son dossier avant la réunion, qu'il a été informé de la possibilité de se faire entendre par la commission, de se faire assister ou représenter par un défenseur de son choix et de demander l'audition de témoins.
Même si l'intéressé n'a pas usé des possibilités qui lui sont offertes ou qu'il n'a pas déféré à la convocation qui lui a été adressée de se présenter devant la commission, celle-ci siège valablement.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Toutes facilités doivent être données par l'administration à la commission consultative paritaire pour lui permettre de remplir ses attributions. En outre, communication doit lui être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de ses missions huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de la commission, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées.
Les membres de la commission sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

Les membres de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans cette commission, à l'exception des indemnités de déplacement instituées en application du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par la présente décision, ainsi que par son règlement intérieur.

En cas de difficulté dans le fonctionnement de la commission, le directeur général en informe le comité technique central d'établissement public.

La présente décision, qui sera publiée au Journal officiel de la République française, annule et remplace l'arrêté du 10 juillet 2008 pris pour le même objet, à compter de la date de la prochaine consultation générale.