Les membres de la commission sont nommés pour un mandat d'une durée de cinq ans, renouvelable, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Pour chacun des membres, à l'exception de ceux mentionnés au 4° de l'article D. 751-20, un suppléant appelé à le remplacer en cas d'absence ou d'empêchement, est désigné dans les mêmes conditions.

En cas d'absence ou d'empêchement du président, celui-ci est remplacé dans cette fonction par l'un des médecins désignés au 4° ci-dessus.

Le secrétariat est assuré par le service des affaires financières, sociales et logistiques du ministère chargé de l'agriculture. Il assure, sous l'autorité du président, l'organisation des travaux, arrête l'ordre du jour et adresse les convocations et les documents de séance quinze jours au moins avant la séance, sauf urgence. Il établit les procès-verbaux de réunion qui sont approuvés par le président de la commission.

Lorsqu'il n'est pas suppléé, le membre d'une commission peut donner un mandat à un autre membre. Chaque membre présent à une réunion de la commission ne peut détenir plus de deux mandats.

La Commission peut, sur proposition de son président, constituer et mandater des groupes de travail, formuler des recommandations et diligenter des études. Les groupes de travail sont mis en place pour une durée déterminée en fonction du calendrier des travaux pour lesquels ils sont mandatés.
Elle peut également, dans les conditions prévues à l'article R. 133-6 du code des relations entre le public et l'administration, entendre toute personne extérieure dont l'audition est de nature à éclairer ses délibérations.