Les offices appliquent le plan comptable approuvé par le ministre chargé du budget après avis des ministres chargés de l'agriculture et de la pêche et du Conseil national de la comptabilité.

Une comptabilité distincte est établie pour les dépenses communautaires.

Le compte financier de l'office est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales que communautaires, enregistrées dans la comptabilité de l'office.

Il est arrêté par l'organe délibérant et est présenté aux ministères de tutelle avant le 31 mars suivant la fin de l'exercice.

La comptabilité analytique de l'office a pour objet de mesurer le coût des principales fonctions ainsi que celui des actions, tant nationales que communautaires, menées par lui. Elle est tenue par l'agent comptable, selon un plan établi par le directeur et approuvé par les ministres chargés du budget, de l'agriculture et de la pêche.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle en exécution du décret du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.

L'office utilise la méthode des charges à payer et des produits à recevoir pour comptabiliser, au titre de l'exercice qui s'achève, l'ensemble des services faits et droits acquis qui n'ont pas fait l'objet d'une facturation au cours de celui-ci.