Le conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins élit en son sein, au scrutin secret, le président et des vice-présidents, dont le nombre est fixé par le règlement intérieur.
Les noms du président et des vice-présidents sont publiés par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine.
Il peut être mis fin au mandat du président ou de l'un des vice-présidents sur proposition du conseil statuant à la majorité de 75 % de ses membres.
En cas de vacance de la présidence du comité, les pouvoirs du président sont exercés par le premier vice-président ou à défaut par un vice-président pris dans l'ordre d'élection. Cet intérim est assuré jusqu'à l'élection d'un nouveau président, qui intervient à la réunion du conseil suivant immédiatement la constatation de la vacance.