Les caisses de mutualité sociale agricole sont responsables de l'application des dispositions concernant l'organisation du service de santé au travail agricole. Elles peuvent, soit instituer en leur sein une section de santé au travail, soit créer une association spécialisée. Par exception aux dispositions de l'article L. 4622-11 du code du travail, le service de santé au travail est administré paritairement selon les modalités prévues au troisième alinéa de l'article L. 723-35 du présent code. Cependant, toute entreprise peut, lorsque l'importance des effectifs des travailleurs salariés le justifie, être autorisée par l'autorité administrative compétente de l'Etat à organiser un service autonome de santé au travail.

L'exercice du service de santé au travail est confié à des médecins à temps partiel ou à temps complet. Des décrets déterminent les compétences techniques que ces médecins doivent posséder ainsi que les conditions dans lesquelles les médecins praticiens participent à l'exercice du service de santé au travail.