Le ministre chargé de la formation professionnelle nomme le président parmi les personnalités qualifiées en matière de formation professionnelle mentionnées à l'article D. 913-1. Il nomme également un vice-président parmi les représentants des régions et un vice-président, pour une durée de dix-huit mois, choisi alternativement parmi les représentants des organisations syndicales de salariés et d'employeurs.
Le conseil national se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président ou à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour est fixé par le président. Y sont inscrits de droit les points demandés par la majorité des membres du conseil. En cas de vote, les avis du conseil ou du bureau sont rendus à la majorité simple des membres présents et représentés. En cas de partage des voix, la voix du président de séance est prépondérante.
Un règlement intérieur, adopté par le conseil national, fixe l'organisation des travaux de ce dernier. Le conseil constitue en son sein un bureau comprenant, outre le président, quinze membres. Ceux-ci sont désignés par chaque catégorie de membres du conseil, à raison de trois représentants pour les membres mentionnés au 1° de l'article D. 913-1, six représentants pour les membres mentionnés au 3°, quatre représentants pour les membres mentionnés au 4° et deux représentants pour les membres mentionnés aux 5° et 6°. Le bureau prépare, en tant que de besoin, les réunions du conseil : il oriente et suit le travail des commissions prévues aux deux premiers alinéas de l'article D. 913-7 ; en cas d'urgence déclarée par le ministre chargé de la formation professionnelle, et dans les conditions prévues par le règlement intérieur, il rend les avis sollicités par le Gouvernement en matière de formation professionnelle continue tout au long de la vie et d'apprentissage.