L'établissement public est dirigé par un directeur général nommé par décret, après avis du Conseil national de l'emploi, de la formation et de l'orientation professionnelles.

Il est administré par un conseil d'administration composé de représentants de l'Etat, des régions, des organisations syndicales de salariés et des organisations professionnelles d'employeurs représentatives au niveau national et interprofessionnel, de personnalités qualifiées et de représentants du personnel. Pour la détermination du nombre de représentants de cette dernière catégorie, il peut être dérogé au cinquième alinéa de l'article 5 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.

A l'exception de son président, nommé par décret parmi les personnalités qualifiées, les membres du conseil d'administration sont nommés par arrêté des ministres de tutelle.

Les représentants de l'Etat et des régions disposent chacun d'au plus deux voix.