Les transports par navigation intérieure sont soumis aux règles de coordination prévues à l'article 7 de la loi du 5 juillet 1949.

Voies navigables de France est chargé de la gestion du fonds de la navigation intérieure prévu au 1 de l'article 3 du règlement (CE) n° 718/1999 du Conseil, du 29 mars 1999, relatif à une politique de capacité des flottes communautaires dans la navigation intérieure en vue de promouvoir le transport par voie navigable.
Voies navigables de France établit et recouvre, sous les mêmes garanties et sanctions qu'en matière d'impôts directs, la contribution spéciale au fonds de la navigation intérieure prévue à l'article 4 du règlement du 29 mars 1999 susvisé.