Le secrétaire général assiste le directeur général et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

En cas de vacance du poste de directeur général, le secrétaire général en assure l'intérim. En cas de vacance simultanée des postes de directeur général et de secrétaire général, la personne assurant l'intérim du directeur général est désignée par le ministre chargé de la santé. La désignation de la personne assurant l'intérim du secrétaire général intervient dans les mêmes conditions, après avis du directeur général.