Les membres nommés de la Conférence, les cinq personnalités qualifiées mentionnées à l'article D. 1411-38, les personnes associées des deux commissions spécialisées et les personnes auditionnées exercent leur mandat à titre gratuit.

Les membres nommés, les cinq personnalités qualifiées et les personnes associées des deux commissions spécialisées peuvent être indemnisés des frais de transports et de séjour qu'ils sont susceptibles d'engager à l'occasion des déplacements effectués dans le cadre des travaux de la Conférence, dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le président de la Conférence nationale de santé perçoit une indemnité forfaitaire annuelle, dont le montant est fixé par arrêté des ministres chargés de la santé et des comptes publics.

Six mois minimum avant la fin de la mandature en cours, le secrétaire général permanent lance les travaux de renouvellement de la Conférence pour la mandature à suivre, les fonctions de l'instance sont alors limitées à la production d'avis en réponse à des saisines du gouvernement.