Le bureau du conseil supérieur est présidé par le président du conseil. Il comprend en outre les présidents et vice-présidents de section. Il se réunit à l'initiative de son président ou à la demande du ministre chargé de la santé.
Le bureau élabore le règlement intérieur du conseil supérieur. Il veille à l'assiduité des membres, au respect de la confidentialité des débats et à la préparation des rapports annuels des sections. Il coordonne l'instruction et l'examen des affaires qui concernent plusieurs sections. Il peut confier aux sections le soin d'étudier toute question sur laquelle il estime nécessaire d'alerter les pouvoirs publics.