La commission établit chaque année et rend public un rapport analysant l'état et les perspectives d'évolution des systèmes d'information respectifs des ministres de la santé et de la sécurité sociale et des organismes d'assurance maladie ainsi que ceux du système commun d'information.

Ce rapport propose les améliorations que la commission estime nécessaires en ce qui concerne notamment :

a) Les systèmes d'information spécifiques ou commun ;

b) Les conditions de transmission des informations entre les établissements de santé, les agences régionales de l'hospitalisation, les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale et les organismes d'assurance maladie ;

c) La politique de diffusion de données issues des systèmes d'information respectifs ou commun.

Un premier rapport devra être préparé et adopté dans un délai de douze mois à compter de l'installation de la commission.