Le président de l'Etablissement français du sang présente chaque année au conseil d'administration un état prévisionnel des recettes et des dépenses qui comprend :

• une section de fonctionnement ;
• une section d'opérations en capital à caractère limitatif ;
• une annexe indiquant la répartition prévisionnelle des recettes et des dépenses pour les services centraux et chacun des établissements de transfusion sanguine.

Lors de la présentation du compte financier, le président de l'Etablissement français du sang rend compte au conseil d'administration de l'exécution de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et des engagements hors bilan. Le conseil d'administration reçoit communication des comptes annuels de tous organismes dans lesquels l'Etablissement français du sang détient une participation financière.

L'Etablissement français du sang est soumis au régime financier et comptable prévu par les articles 3 à 62, 151 à 153 et 190 à 225 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962.
Ordonnateur principal des recettes et des dépenses de l'Etablissement français du sang, le président du conseil d'administration peut désigner des ordonnateurs secondaires. L'agent comptable de l'Etablissement français du sang est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget.
Les agents comptables secondaires sont nommés par le président de l'Etablissement français du sang après avis conforme de l'agent comptable principal. Ces agents peuvent également exercer les fonctions de chef des services financiers de l'établissement de transfusion sanguine.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992.

L'Etablissement français du sang et ses filiales dans lesquelles l'établissement, seul ou avec l'Etat ou d'autres établissements publics, détient plus de la moitié du capital ou de la moitié des voix au sein des organes délibérants sont soumis aux règles de tutelle financière prévues par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 ainsi qu'au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955. Les conditions d'application du contrôle économique et financier de l'Etat tenant compte de l'organisation administrative et financière de l'établissement, et notamment de l'organisation de son contrôle interne, sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie et du budget.

Les fonds de l'Etablissement français du sang peuvent être déposés dans un établissement bancaire, avec l'autorisation du ministre des finances.

Au sein de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, les charges financières découlant du transfert à l'Etablissement français du sang des obligations à l'égard des victimes des contaminations transfusionnelles font l'objet d'une gestion individualisée dans une comptabilité distincte de celle de l'activité transfusionnelle de l'établissement.