Les établissements et services sont dirigés par des directeurs de service de la protection judiciaire de la jeunesse. Ils coordonnent l'action des unités éducatives placées sous leur autorité. À cet effet, ils ont autorité sur l'ensemble des personnels de la structure.
Lorsque l'établissement ou le service est constitué d'au moins deux unités éducatives, la direction pédagogique et administrative de chacune de ces unités est assurée, sous l'autorité du directeur de service de rattachement, par un responsable d'unité éducative. À cet effet, il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'unité éducative.
Les directeurs des établissements ou services sont les interlocuteurs des autorités judiciaires dont ils reçoivent les décisions. Ils rendent compte à ces autorités de leur mise en œuvre.
Dans le respect des orientations territoriales, ils représentent les établissements ou les services qu'ils dirigent au sein des instances concourant à la mise en œuvre de la mission définie au 4° de l'article D. 241-10.

Les personnes prises en charge dans les établissements et services de la protection judiciaire de la jeunesse sont associées, sous forme de consultations ou de groupe d'expression, au fonctionnement desdits établissements et services.

Sans préjudice des dispositions des articles L. 311-7 et L. 311-8 du code de l'action sociale et des familles, cette participation a pour objet de permettre aux personnes prises en charge d'exprimer leurs avis ou d'émettre des propositions sur toute question intéressant le fonctionnement de l'établissement ou du service.

À cette fin, un groupe d'expression est réuni au moins une fois par an. Le directeur de l'établissement ou du service le convoque, le préside et en fixe l'ordre du jour.

À défaut, il est procédé, selon la même périodicité, à une consultation des usagers à l'initiative du directeur.

Les conclusions des consultations ou les délibérations des groupes d'expression sont transmises, par le directeur du service ou de l'établissement, au directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse.

Les dispositions du présent article ne sont pas applicables aux services éducatifs auprès des tribunaux et aux services éducatifs en établissement pénitentiaire spécialisé pour mineurs.

Le règlement de fonctionnement et le projet d'établissement prévus aux articles L. 311-7 et L. 311-8 du code de l'action sociale et des familles sont élaborés pour chaque établissement ou service de la protection judiciaire de la jeunesse après organisation de la participation prévue à l'article D. 241-31 du présent code. L'ensemble des personnels du service ou de l'établissement participe, sous l'autorité du directeur, à l'élaboration de ces documents. Le règlement de fonctionnement et le projet d'établissement ou de service sont arrêtés par le directeur territorial, après avis du comité technique territorial compétent.

Le règlement de fonctionnement est actualisé afin de tenir compte des contraintes inhérentes aux missions de l'établissement ou du service.

Le projet de chaque établissement ou service est établi pour une durée de cinq ans. Il est actualisé chaque année pour tenir compte de l'évolution des missions de l'établissement ou du service, de son organisation, des modalités de mise en œuvre des mesures et des moyens qui lui sont alloués. Le comité technique compétent est informé de cette actualisation.

Les modalités de fonctionnement des établissements et services de la protection judiciaire de la jeunesse ainsi que celles des unités éducatives qui les constituent sont précisées dans des cahiers des charges fixées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, après avis du comité de la protection judiciaire de la jeunesse.