Les fonctions d'agent-comptable sont confiées par le préfet, après avis du trésorier-payeur général, soit à un comptable direct du Trésor, soit à un agent comptable spécial nommé sur proposition du conseil d'administration.

L'agent comptable est chargé, sous sa responsabilité propre, de la perception des recettes, du payement des dépenses, de la caisse et du portefeuille. Il a seul qualité pour opérer tout maniement de fonds ou de valeurs. Il veille à la conservation des droits et à la rentrée des revenus, créances et autres ressources de l'établissement.

Il est personnellement et pécuniairement responsable de sa gestion et de la sincérité de ses écritures. Il doit, dans l'exécution de son service, se conformer aux directives générales d'ordre financier et comptable applicables, sauf dispositions contraires du décret institutif, aux établissements publics communaux.

Il est justiciable de la Cour des comptes et soumis au contrôle de l'inspection générale des finances et du trésorier-payeur général.