L'Office français de la biodiversité est soumis aux dispositions du titre Ier et du titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

La gestion comptable de l'Office français de la biodiversité est assurée par un groupement comptable créé dans les conditions prévues à l'article 188 du décret du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus. Ce groupement constitue un service commun à l'office, à l'établissement public du marais poitevin et aux parcs nationaux. Un arrêté des ministres chargés de l'environnement, de l'agriculture et du budget précise les modalités de fonctionnement et le siège de ce groupement.
L'agent comptable du groupement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de l'agriculture et du budget.
Dans les conditions prévues à l'article L. 131-1, tout établissement qui sollicite son rattachement à l'Office français de la biodiversité peut être membre du groupement comptable s'il en fait la demande.
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de l'agriculture et du budget dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.