Dans l'exercice de ses missions, le secrétaire général est assisté d'un secrétaire général adjoint, nommé par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et de services placés sous sa direction. Il peut faire appel à tout sachant ou expert.

Le secrétaire général a autorité sur le personnel. Pour l'application du code du travail, il exerce les compétences du chef d'entreprise.

Il peut déléguer sa signature au secrétaire général adjoint en toute matière. Il peut également déléguer sa signature à tout autre agent des services du haut conseil, dans des matières et des limites qu'il détermine.