Les contrôleurs stagiaires effectuent leur stage en service sous l'autorité du chef de la direction nationale du recrutement et de la formation professionnelle et sous la direction fonctionnelle du chef de circonscription.
Lors de ce stage en service, les contrôleurs stagiaires sont évalués sur deux unités de compétences :

- la première porte sur la manière de servir du stagiaire, notamment son respect des règles déontologiques et sa capacité à s'intégrer dans un service et un collectif de travail ;
- la seconde porte sur la capacité du stagiaire à mobiliser de façon pertinente le socle réglementaire et technique dans son futur contexte professionnel.

Le stage donne lieu à un compte-rendu d'évaluation élaboré par le chef de circonscription du lieu de stage, ou son représentant, sur l'aptitude du stagiaire à exercer les fonctions de contrôleur des douanes et droits indirects.