Pour chaque élève, les semaines d'études dans l'établissement sont de 30 heures, réparties en demi-journées de 3 heures. Ces demi-journées sont consacrées à des cours, des conférences ou des travaux dirigés de 1 heure et 30 minutes, ou à des mises en situation professionnelle sur installations réelles ou simulées de 3 heures, sauf cas particulier prévu par instruction de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.
Ces études sont confortées par un travail personnel sous la forme de travaux individuels ou collectifs et de conduites de projets eux-mêmes encadrés par des élèves d'une école d'ingénieurs, y compris par ceux de l'ENSM. Les élèves de l'année bac + n sont encadrés par ceux de l'année bac + n + 2. Ceux du second cycle sont encadrés par des enseignants.