Le programme d'évaluation et d'audit mis en œuvre par la mission est défini par le comité directeur prévu à l'article 4 de l'arrêté du 9 novembre 2009 portant création d'un service à compétence nationale dénommé : « Mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale ». Ce programme comprend :

― d'une part, les thèmes d'évaluation et d'audit commun à l'ensemble des organismes de sécurité sociale ;

― d'autre part, des thèmes spécifiques aux organismes de mutualité sociale agricole, proposé par le directeur des affaires financières, sociales et logistiques au ministère chargé de l'agriculture.