Seuls les documents constitutifs des comptes annuels sont transmis au juge des comptes.

A compter des comptes clos de l'exercice 2016, cette transmission est effectuée sous format dématérialisé via l'infocentre des établissements publics nationaux et des groupements d'intérêt publics nationaux soumis aux règles de la comptabilité publique géré par la direction générale des finances publiques. La durée de conservation sous le silo de stockage ATLAS de la direction générale des finances publiques des documents constitutifs du compte financier est fixée à 15 ans.