Le secrétariat de la commission est assuré par le service de la direction départementale des territoires et de la mer (délégation à la mer et au littoral) dans le ressort duquel est situé le siège de la commission. Un procès-verbal est établi à chaque séance. Le procès-verbal est signé du président et des membres de la commission. Il est conservé en archives au siège de la commission. Des copies sont établies et adressées aux directeurs départementaux des territoires et de la mer intéressés, au directeur interrégional de la mer ainsi qu'au président de la section régionale de la conchyliculture lorsque les dossiers traités concernent cette activité. Le directeur départemental des territoires et de la mer transmettra un exemplaire de ces procès-verbaux à la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture.