La commission consultative des marchés établit un rapport annuel d'activité qu'elle adresse au ministre chargé du budget, au ministre chargé de la concurrence, au ministre chargé de la défense, au ministre chargé de l'énergie et au ministre chargé de la recherche, ainsi qu'au chef de la mission du service du contrôle général économique et financier près le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives et à l'administrateur général. Ce rapport est examiné par le comité d'audit du conseil d'administration, qui rend chaque année un avis au conseil d'administration.