L'action du comité s'inscrit dans le cadre d'une convention, annuelle ou pluriannuelle, conclue entre l'organisme au sein duquel le comité est installé et l'agence régionale de santé territorialement compétente. Cette convention décline les missions telles que définies en annexe I du présent arrêté. Elle est assortie d'indicateurs d'activité et financiers.
Cette convention est exigée pour l'attribution de crédits du fonds d'intervention régional défini à l'article L. 1435-8 du code de la santé publique.
Les objectifs sont fixés dans cette convention par l'agence régionale de santé territorialement compétente en cohérence avec les politiques régionales et nationales en faveur de la santé sexuelle et avec les spécificités de son territoire.
Lorsque plusieurs comités de coordination régionale de la santé sexuelle sont présents sur une même région, une convention est conclue entre eux et l'agence régionale de santé territorialement compétente afin de s'assurer de la cohérence de leur action sur la région.