L'audit de certification débute au plus tard trois mois après la date de réception de la demande de certification ou de la demande de renouvellement du certificat.
Cet audit est mené par des agents de la direction générale de l'armement, qui peuvent se faire assister par des agents d'autres services.
La direction générale de l'armement informe l'entreprise de la date de l'audit et de l'identité des agents qui effectueront cet audit dans un délai d'un mois à compter de la date de réception de la demande de certification.
A la demande de l'administration, l'entreprise met à la disposition des agents auditeurs un local adapté à la consultation des documents et des systèmes d'information nécessaires.

A l'issue de l'audit, un rapport est adressé à l'entreprise. A compter de la réception du rapport d'audit, s'ouvre une phase contradictoire au cours de laquelle l'entreprise peut formuler ses observations écrites dans un délai de deux semaines.
Au terme de la phase contradictoire, la direction générale de l'armement rend la décision de certification mentionnée à l'article 5 du présent arrêté.

La direction générale de l'armement peut procéder à un nouvel audit de certification en cas de survenance de l'un des changements mentionnés à l'article 6 du présent arrêté. Cet audit est mené selon les mêmes principes et modalités que l'audit initial.
A la suite de ce nouvel audit, la direction générale de l'armement peut procéder à la modification du certificat ou engager la procédure mentionnée à l'article 13 du présent arrêté.

L'audit de vérification de conformité se déroule selon les mêmes principes et modalités que ceux définis pour les demandes de certification et les demandes de renouvellement du certificat.