La direction des affaires criminelles et des grâces comprend :

- le service du casier judiciaire national ;

- la sous-direction de la justice pénale générale ;

- la sous-direction de la justice pénale spécialisée ;

- la sous-direction de la négociation et de la législation pénales ;

- la sous-direction de l'évaluation et du numérique.

La sous-direction de l'évaluation et du numérique assure, en lien avec les juridictions et les directions du ministère :

- la pleine intégration du numérique dans les activités normatives de la direction ;

- la collecte, l'expertise, la normalisation, la circulation, le pilotage, la valorisation et le contrôle interne de la donnée pénale ;

- la conception, l'actualisation et le suivi des bases “ NATINF ” et “ peines et mesures ” au sein du système de référence du ministère de la justice ;

- la participation de la direction au développement des applications informatiques pénales, ainsi que la définition et la mise en œuvre de la stratégie informatique et libertés de la direction ;

- l'élaboration d'outils numériques, statistiques ou pratiques d'évaluation des politiques pénales et de leur mise en œuvre, pour les besoins de la direction et des juridictions ;

- la participation de la direction aux travaux de recherche du ministère de la justice ;

- la coordination des travaux du rapport annuel du ministère public et du rapport sur l'application de la politique pénale du ministre de la justice au Parlement ;

- la communication interne et externe de la direction.

La sous-direction de la justice pénale générale élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en tous domaines du droit pénal et de la procédure pénale ne relevant pas de la compétence de la sous-direction de la justice pénale spécialisée.
Elle assure le suivi de l'action publique, élabore les instructions générales de politique pénale adressées aux procureurs généraux.
Elle conçoit en outre la politique d'intervention du ministère public dans les domaines suivants :

- le traitement judiciaire des victimes et l'aide aux victimes ;
- la prévention de la délinquance ;
- les politiques partenariales, spécialement la politique de la ville.

Elle est compétente dans le domaine de l'activité des services et unités de police judiciaire, des policiers municipaux et des agents chargés de certaines missions de police judiciaire.
Elle traite des questions relatives aux frais de justice, aux fichiers de police judiciaire, à la police technique et scientifique et à la médecine légale.
Elle est en charge des questions et de la politique pénale dans le domaine de l'exécution des peines, des procédures et mesures post-sentencielles. Elle instruit les recours en grâce, élabore les recours en révision au nom du garde des sceaux, ministre de la justice, les pourvois dans l'intérêt de la loi au nom du garde des sceaux, ministre de la justice, et les demandes en réexamen. Elle assure le suivi, en lien avec la direction de l'administration pénitentiaire, de la réglementation relative notamment aux transfèrements, aux extractions judiciaires et au suivi des personnes condamnées.

La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore, anime et évalue les politiques pénales conduites par le ministère de la justice en ce qui concerne :

- les matières économique, financière, sociale et environnementale, ainsi que la santé publique, comprenant notamment les atteintes à la probité, la fraude fiscale et sociale, le droit pénal de la consommation, les infractions en matière de contrefaçon, les infractions du code de la santé publique et en matière de dopage, les infractions au code de l'environnement, ainsi que le blanchiment des infractions relevant de ces matières ;
- la saisie et la confiscation des avoirs criminels ;
- la lutte contre la criminalité organisée, le blanchiment, et les infractions à la législation sur les stupéfiants ;
- la lutte contre le terrorisme, les crimes contre l'humanité et les crimes de guerre ainsi que la participation aux politiques publiques de lutte contre la radicalisation ;
- la lutte contre la cybercriminalité ;
- l'entraide pénale internationale.

Elle assure le suivi de l'action publique et élabore les instructions générales de politique pénale adressées aux procureurs généraux.
Au titre de l'entraide pénale, en sa qualité d'autorité centrale, elle assure en lien avec les juridictions la gestion des demandes d'entraide françaises et étrangères, des demandes d'arrestation provisoire, des demandes d'extradition et de transfèrement en liaison avec la direction de l'administration pénitentiaire, ainsi que le suivi des mandats d'arrêt européens. Elle est le point de contact national du réseau judiciaire européen en matière pénale.

La sous-direction de la négociation et de la législation pénales élabore les projets de loi, de décret et d'arrêté en matière pénale.
Elle élabore les projets de loi et de décret présentés par le garde des sceaux, ministre de la justice, y compris ceux transposant ou adaptant le droit européen et international dans l'ordre interne.
Elle participe, en liaison avec les différents départements ministériels concernés, à la rédaction de tout projet de loi ou de règlement comportant des dispositions de nature pénale en apportant son expertise sur les projets de réforme qui lui sont soumis.
Elle étudie, en liaison avec la direction des services judiciaires, les questions concernant l'organisation des juridictions répressives.
En matière pénale, elle conduit, en associant le secrétariat général, les négociations européennes et concourt aux négociations internationales ; elle veille à la transposition dans l'ordre interne des instruments normatifs de l'Union européenne et à l'adaptation du droit national aux instruments internationaux.
Elle traite également des questions prioritaires de constitutionnalité de droit pénal et de procédure pénale dont est saisi le Conseil constitutionnel.