La direction de la protection judiciaire de la jeunesse comprend :

- la sous-direction des missions de protection judiciaire et d'éducation ;
- la sous-direction du pilotage et de l'optimisation des moyens ;
- la sous-direction des ressources humaines et des relations sociales.

Le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse est responsable de la politique de communication interne et externe de la direction, en lien avec le secrétariat général.

La sous-direction des missions de protection judiciaire et d'éducation élabore, en liaison avec les autres directions du ministère, et en lien avec les services déconcentrés et les juridictions pour mineurs, les normes juridiques ainsi que les références pédagogiques et institutionnelles intéressant la protection de l'enfance et de la jeunesse, la prévention et le traitement de la délinquance juvénile, dans le cadre des attributions du ministère de la justice. Elle est associée au traitement du contentieux et assure le règlement amiable des dossiers précontentieux.
Elle élabore les méthodes de prise en charge des mineurs et jeunes majeurs et assure le pilotage national des activités de protection judiciaire de la jeunesse confiées aux structures quel qu'en soit le statut.
Elle suit l'ensemble des dossiers relevant de sa compétence au plan international et est associée aux négociations ainsi qu'au traitement du contentieux européen et international concernant la protection judiciaire de la jeunesse. Elle assure la mise en œuvre de l'entraide internationale en matière de placement transfrontalier civil et la fonction d'autorité centrale chargée d'assister l'Etat dans l'application de l'article 56 du règlement (CE) n° 2201/2003 du Conseil du 27 novembre 2003 en matière de placement au sein de l'Union européenne.
Elle pilote l'organisation territoriale et la structuration des établissements et services des secteurs public et associatif.
Elle pilote la promotion de la santé des jeunes pris en charge.
Elle prépare les arrêtés de désignation des assesseurs des tribunaux pour enfants et traite, en lien avec la direction des services judiciaires, des questions relatives à l'organisation des juridictions pour mineurs. Elle anime et contrôle l'action du ministère public en matière de protection de l'enfance et suit la formation de la jurisprudence correspondante.
Elle conduit et coordonne les travaux d'évaluation et de recherche intéressant la direction de la protection judiciaire de la jeunesse. Elle est responsable des procédures d'amélioration de la qualité de la prise en charge des mineurs et coordonne la mise en œuvre des méthodes et des outils développés à cette fin.
Elle conduit et coordonne les travaux d'analyse et d'évaluation relatifs aux orientations nationales.
Elle conçoit, en lien avec les autres ministères concernés, et met en œuvre le dispositif de répartition des mineurs privés temporairement ou définitivement de la protection de leur famille confiés aux départements par décision judiciaire.

La sous-direction du pilotage et de l'optimisation des moyens définit et met en œuvre la stratégie financière, immobilière et de transformation numérique de la direction. Elle détermine la budgétisation des projets découlant des orientations stratégiques de la direction et mesure leurs impacts.
Elle établit, en liaison avec le secrétariat général, dans le cadre du programme budgétaire protection judiciaire de la jeunesse (182), les prévisions de moyens nécessaires à la réalisation des missions de la direction, à l'exception des emplois et crédits du titre 2.
Elle recense et analyse les données d'activité concernant ces missions, assure la répartition des moyens hors les emplois et crédits du titre 2 entre les secteurs quel qu'en soit le statut, favorise la qualité de leur gestion, analyse et justifie les coûts.
Elle propose des orientations et des outils propres à faciliter, tant au plan central que déconcentré, la connaissance et le pilotage des activités au service des missions.
En lien avec le secrétariat général, elle conduit la politique de la direction relative au parc immobilier et aux systèmes d'information qui sont consacrés à ses missions et gérés par les directions interrégionales ou par l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse.
Elle conçoit la stratégie budgétaire pour le secteur associatif habilité, pilote la campagne de tarification des établissements et services du secteur associatif mise en œuvre par les directions interrégionales et co-élabore avec les associations la doctrine d'emplois et la politique de recrutement des salariés.

La sous-direction des ressources humaines et des relations sociales est chargée, en liaison avec le secrétariat général, d'élaborer, de conduire et d'évaluer les politiques de ressources humaines de la protection judiciaire de la jeunesse. Elle est associée au traitement du contentieux et assure le règlement amiable des dossiers précontentieux.
Elle conduit le dialogue social avec les organisations syndicales de la protection judiciaire de la jeunesse. En lien avec le secrétariat général, elle promeut les politiques de de santé, d'action sociale, de sécurité au travail et de qualité de vie au travail. Elle porte et met en œuvre la politique de recrutement et de formation des personnels de la protection judiciaire de la jeunesse, et des actions de développement des compétences individuelles et collectives tout au long de la vie, en lien avec l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse.
Elle élabore les textes statutaires et indemnitaires relatifs aux différents corps propres des personnels de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse, en lien avec le secrétariat général. Elle assure la gestion des carrières incluant une gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences ainsi que la politique et la gestion des emplois fonctionnels.
Elle autorise et coordonne les opérations de recrutement, d'affectation, de gestion administrative entre l'administration centrale et les services déconcentrés. Elle en assure la programmation.
Elle pilote la gestion prévisionnelle des emplois et la masse salariale du programme budgétaire protection judiciaire de la jeunesse (182).