Le directeur régional des finances publiques de la région Nouvelle-Aquitaine est chargé du contrôle budgétaire des services à compétence nationale suivants :
Ecole supérieure de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
Musée de la préhistoire des Eyzies-de-Tayac ;
Musée national des douanes ;
Musée national et domaine du château de Pau ;
Service de l'emploi pénitentiaire.