Dans chaque département ministériel, il est tenu, par le haut fonctionnaire de défense et de sécurité ou par les autorités ayant reçu délégation à cet effet, pour chacun des trois niveaux de classification, un répertoire des dossiers d'habilitation en cours d'instruction ou de validité.
Le traitement automatisé de données à caractère personnel mis en œuvre à cet effet a pour seule finalité la gestion des habilitations au secret de la défense nationale.