| Domaine de compétence | Laboratoire national de référence |
| Anémie infectieuse des Equidés | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Dozulé |
| Artérite virale équine | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Dozulé |
| Botulisme aviaire | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-site de Ploufragan |
Brucelloses animales (y compris pour le contrôle officiel des brucellines) | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Chlamydiose aviaire | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Diarrhée virale bovine (BVD) | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Niort |
| Dourine | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Dozulé |
| Encéphalites virales des équidés : encéphalite West-Nile | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Encéphalopathies spongiformes transmissibles | ANSES-Laboratoire de Lyon |
| Fièvre aphteuse | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Fièvre catarrhale ovine | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Fièvre charbonneuse | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Fièvre de la vallée du Rift | Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD)-Montpellier |
| Fièvre Q | ANSES-Laboratoire de Sophia-Antipolis |
| Herpès viroses équines | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Dozulé |
| Hypodermose bovine | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Niort |
| Influenza aviaire | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Influenza porcin | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Leucose bovine enzootique | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Niort |
| Maladie d'Aujeszky | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Maladie hémorragique épizootique du cerf | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Maladies des mollusques bivalves | IFREMER-Laboratoire de génétique et pathologie des mollusques marins-La Tremblade |
| Maladie de Newcastle | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Maladie vésiculeuse des suidés | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Maladies réglementées des poissons | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Plouzané |
| Métrite contagieuse des équidés | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Dozulé |
| Morve | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Mycoplasmoses aviaires | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Peste bovine | CIRAD-Montpellier |
| Peste équine | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Peste des petits ruminants | CIRAD-Montpellier |
| Peste porcine africaine | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Peste porcine classique | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
Poxvirus des ruminants, dont dermatose nodulaire contagieuse, clavelée et variole caprine | CIRAD-Montpellier |
Rage (y compris pour le contrôle de l'efficacité des vaccins antirabiques) | ANSES-Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy |
| Rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Niort |
| Salmonelloses aviaires | ANSES-Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort-Site de Ploufragan |
| Santé des abeilles | ANSES-Laboratoire de Sophia-Antipolis |
| Stomatite vésiculeuse | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
Tuberculose (y compris pour le contrôle officiel des réactifs destinés aux analyses notamment des tuberculines) | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |
| Tularémie (forme clinique) | ANSES-Laboratoire de santé animale-Site de Maisons-Alfort |