L'identité de la jument donneuse de l'ovule origine de chaque embryon, dite jument donneuse, et celle de l'étalon qui l'a fécondée doivent être parfaitement connues. En conséquence, les hémotypes des deux reproducteurs doivent être déterminés préalablement à toute opération de collecte d'embryon.

Le centre de transfert d'embryons doit tenir à jour un carnet à souches de fiches de récoltes et de transfert d'embryons délivré par le service des haras. Ces fiches sont à numérotation continue et conformes au modèle fixé par le chef du service des haras. Une fiche est établie à chaque tentative de collecte. En cas de collecte fructueuse, il est établi autant de fiches que d'embryons collectés.
Les fiches sont transmises au haras national dont dépend le centre.
La souche est conservée par le centre pendant une période d'au moins cinq ans après le transfert ou la cession des embryons.
Les documents de monte sont tenus conformément aux instructions données par le service des haras.

Sauf utilisation immédiate au moment de la récolte, tout embryon collecté doit être identifié par apposition des renseignements suivants sur un élément indissociable :

• identification du centre de transfert ayant réalisé la collecte ;
• identification de la jument donneuse ;
• identification de l'étalon ;
• date de la récolte.

Stockage.
Les embryons conservés doivent être placés dans des conditionnements individuels stériles.
Le stockage doit être effectué dans un centre de transfert agréé.

Un centre de transplantation d'embryons ne peut délivrer d'embryons en France qu'aux centres de transfert d'embryons agréés par le ministre de l'agriculture.
Un centre de transfert d'embryons ne peut délivrer d'embryons dans un Etat membre de l'Union européenne qu'à un centre agréé par l'autorité compétente. L'embryon doit alors être accompagné d'un certificat zootechnique délivré par le service des haras conforme aux normes européennes en vigueur.
Un centre de transplantation d'embryons ne peut recevoir d'embryons que d'un centre agréé en France ou d'un centre agréé par l'autorité compétente du pays concerné. Dans ce dernier cas, l'embryon doit être accompagné d'un certificat zootechnique délivré par l'autorité compétente et conforme aux normes européennes en vigueur.

Le contrôle de filiation par les groupes sanguins des produits issus de transferts d'embryons est obligatoire.
Ces contrôles sont à la charge des éleveurs.

Sauf convention contraire, les embryons conservés appartiennent au propriétaire de la jument donneuse. En cas de vente de la jument donneuse, l'état du stock des embryons existants et des gestations en cours doit être communiqué à l'acquéreur.

Sauf convention contraire, le naisseur est le propriétaire de la jument porteuse au moment de la mise bas.