La mission de l'audit et du contrôle internes budgétaires est chargée d'établir la méthodologie du contrôle et de l'audit internes budgétaires, en lien avec la deuxième sous-direction et le comité d'harmonisation de l'audit interne créé par le décret n° 2011-775 du 28 juin 2011 relatif à l'audit interne dans l'administration, et d'appuyer leur déploiement au sein des services de l'Etat. La mission est placée sous l'autorité conjointe du directeur du budget et du chef du service du contrôle général économique et financier.